Dans ce cadre, l'Agence aura pour tâches, notamment :

· D'élaborer les programmes annuels et pluriannuels de recherche et veiller à leur exécution.

· De procéder au lancement des appels d'offre thématiques, dans le cadre de ces programmes, et d'assurer leur suivi.

· De financer sur budget-programme, au moyen de convention et/ou contrat, les projets de recherche retenus.

· De procéder à la mise en place des dispositifs de suivi et d'évaluation des activités de recherche dont elle a la charge.

· De promouvoir et dynamiser les mécanismes et les circuits de soutien et de gestion administrative et financière de la recherche universitaire.

· D'assurer la diffusion et la valorisation des résultats de la recherche dont elle a la charge.

· De contribuer à l'organisation et à la prise en charge matérielle et financière des manifestations scientifiques nationales et internationales liées à son domaine d'activité.

· D'apporter son assistance en tant que de besoin sur le plan technique et financier pour l'acquisition d'équipement et de documentation scientifique, nécessaires à la réalisation de ses programmes.

· De favoriser et soutenir les programmes de formation, de perfectionnement et de recyclage liés à son domaine d'activité.

En outre, dans le cadre de la réglementation en vigueur, l'agence devra favoriser le développement et l'entretien de relations d'échanges et de coopération scientifique et technique; elle peut de ce fait conclure tout accord ou convention avec tout organisme National ou Etranger exerçant dans les mêmes domaines d'activités

L'Agence est administrée par un conseil d'orientation, dirigée par un Directeur général et dotée d'un conseil scientifique.

Elle est structurée en cinq départements :

· Département des Programmes Nationaux Interdisciplinaires

· Département des Programmes Sectoriels de Partenariat

· Département d’Evaluation et de Valorisation des Résultats

· Département des Relations Extérieures et de la documentation

· Département Financement de la Recherche

Les conseils de l’agence :

1-    le conseil d’orientation : l’agence est administrée par un conseil d’orientation dirigé par le directeur général et il est présidé par le ministre de  tutelle, ces membres sont nommés pour une période de quatre (4) ans renouvelable par arrêté du ministre, il se réunit  en session ordinaire deux (02) fois par an, sur convocation de son président pour délibérer  notamment sur:

· l'organisation et le fonctionnement général de l'agence;

· le règlement intérieur;

· le programme de travail annuel et pluriannuel;

· les perspectives de développement de l'agence;

· le rapport annuel d'activité;

· les conditions générales de passation des marchés, contrats et conventions;

· le projet de budget et les comptes et bilans annuels;

· les emprunts à contracter;

· le règlement comptable et financier;

· les acquisitions, ventes ou locations d'immeubles;

. toutes autre question que lui soumis le directeur général.

Le conseil étudie et propose toute mesure visant à améliorer le fonctionnement et l'organisation de l'agence et à favoriser la réalisation de ses objectifs.

 2-    le conseil scientifique : est composé de douze (12) à quinze (15) membres choisis parmi les enseignants-chercheurs dont les disciplines sont liées aux activités de l’agence. Ces membres sont désignés pour une période de quatre (4) ans renouvelables, par arrêté du ministre de tutelle, et il est consulté par le directeur général sur l’organisation et le déroulement des activités des recherches entrant dans le cadre des missions de l’agence.

A ce titre, il émet des avis et recommandations  notamment  sur :

· Les programmes et projets de recherche à soumettre par le directeur général au conseil d'orientation ;

· Les modalités de mise en œuvre du programme arrêté;

· L'acquisition de la documentation;

· Les actions de formation, de perfectionnement et de recyclage nécessaires à la réalisation des objectifs de l'agence;

· Les projets de création d'annexes et, le cas échéant, de laboratoires ou unités de recherche;

· Les programmes de manifestations scientifiques organisées ou soutenues par l'agence;

· Les programmes d'échange et de coopération scientifique;

· La valorisation des produits et résultats de la recherche;

A cet effet, il élabore un rapport appuyé de recommandation, qui est soumis par le directeur général au conseil d'orientation, et adressé au ministre de tutelle accompagné de ses observations.